تاریخچه
تاریخ آغاز ساخت این بنا به سال ۱۲۵۸ هـ.ق و پایان ساخت ۱۲۶۵ هـ.ق می باشد ( ۸ سال ). این بنای باشکوه که آخرین بنای معظم ساخته شده در دوران انحطاط معماری و هنر ایران می باشد توسط معماری به نام استاد شعبانعلی پشت مشهدی ساخته می شود. مشهور است که این معمار بنام با دستمزد دریافتی اش برای ساخت مسجد آقابزرگ ، رواقی را در حرم حضرت امام رضا (ع) می سازد. نقاشی های بنا بدست استاد حاج محمدباقر قمصری انجام شده و کتیبه های بنا کار استاد اسدالله ، استاد محمدحسین کاشی و استاد حاج ابراهیم معارفی می باشد.

وجه تسمیه ی مسجد :
مجتهد بزرگ کاشان ملا محمد مهدی نراقی ( ملا محمد بن ابیذر) فرزند آخرش موقعی به دنیا می آید که خودش فوت می کند ، بنا به رسم آنزمان نام پدر را بر فرزند می گذارند و پس از مدتی فرزند هم مجتهد می شود و مردم کاشان به دلیل این تشابه اسمی به پدر « آقا بزرگ » و به فرزند « آقا کوچک » می گویند . محمد شاه قاجار در راه سفر به اصفهان چند روزی در کاشان اقامت و طی آن با علمای شهر و از جمله با ملامحمد مهدی ( آقا کوچک ) ملاقات می کند ، متوجه می شود که ایشان از لحاظ علمی بسیار بالا هستند ، به مردم کاشان امر می کند از این به بعد به ایشان هم آقا بزرگ بگویند و به حاج محمد تقی خانبان (حاکم وقت شهر) هم دستور می دهد تا این مسجد و مدرسه را برای ایشان بنا کرده و دختر خود را به عقد ایشان درآورند .
در جلسه ای که شاه و علما داشتند شاه پس از دیدن مقام علمی ملامحمد مهدی از ایشان و علما خواست تا از او درخواستی داشته باشند . ملا محمد مهدی می گوید پشه ها را از ما دور کن! شاه گفت درخواستی از من بکنید که بتوانم آن را اجابت کنم . من از انجام این کار عاجزم ، گفتند برای ما رعیت ها مسجدی بنا کنید تا در آن نماز بخوانیم و شاه آنگونه که شرحش رفت این درخواست را اجابت کرد .

بخشهای مختلف بنا :

پیرنشین ها :
در قسمت ابتدایی بنا دو سکو در دو طرف بنا برمی خوریم به نام پیرنشین ، علت تعبیه این سکوها هم این بوده است که اشخاصی که از کوچه عبور می کنند اگر باری بر دوش دارند برای رفع خستگی بار خود را روی این سکوها قرارداده و استراحت کنند و دلیل بعدی و مهمتر ؛ افراد سالمند و پیر بوده اند تا روی آنها به استراحت بپردازند.

کتیبه مالیاتی :
در بالای درب ورودی مسجد ( قسمت بیرونی ) به کتیبه ای ( لوح ) سنگی برمی خوریم که فرمان معافیت مالیاتی بنا از طرف محمد شاه قاجار می باشد و مضمون آن از این قرار است :
« به حکم محکم شاهنشاه عادل ، بأذن محمد شاه قاجار خلدا… ملکه و احسانه ، حسب الخواهش جناب شریف آداب حجت الاسلام ملامحمد مهدی نراقی ، منال دیوانی قصابی و دباغی کاشان به موجب فرمان مبارک مقرر آمده از تکالیف دیوانی معاف شد ، خلاف کننده به لعنت خدا گرفتار شود فی المحرم ۱۲۵۶ »
در سر در این مسجد ۳۲ یا ( ۲۳ ) نوع هنر کار شده است .

درب ورودی :
تعدادی میخ در آن به کار رفته شده که تعداد آنها در دولنگه درب دقیقاً ۶۶۶۶ عدد به تعداد آیات قرآن کریم می باشد. استفاده از این میخ ها دوعلت دارد :
۱- در قدیم هنگام هجوم اقوام مهاجم ، مردم داخل مسجد پناه می گرفته اند ، استفاده از این میخ ها داخل در باعث می شود تا در استحکام فوق العاده ای یافته و شخص مهاجم از بیرون به هیچ وجه نتواند با تبر در را خُرد کند .
۲- علتی که باعث شده بعد از ۱۸۰ سال در هنوز اینقدر سالم بماند این است که میخ بعد از مدتی داخل چوب زنگ می زند و حالت تُردی به چوی می دهد که موریانه از آن خوشش نمی آید و به آن کاری ندارد .
روی دو دستگیره در هم دو بیت شعر از سعدی نوشته شده : « زیبا تر از تو در نظرم هیچ منظری / کس درنیامدست به این خوبی از دری / اول منم که در همه عالم نیامده / دیگر نیاورد چو تو فرزند مادری ».

راهروهای اطراف :
علت تعبیه این راهرو افراد سالمند بوده اند تا به راحتی از آن عبور نمایند . قسمت بعدی برآمدگی است به نام « پاچنگ » و علت تعبیه آن هم اینست که شخصی که از بیرون داخل مسجد می شود از دالان های کناری عبور کند تا احترام و قداست مسجد حفظ گردد .

مهتابی یا زمستانه نشین :
هنگام زمستان از آن استفاده می شده است ، سنگ هایی در وسط آن وجود دارد که علت تعبیه آنها تأمین نور اتاق های پایین است . جنس سنگ ها مرمر است و مرمر تنها سنگی است که نور از آن عبور می کند . مسجد آقا بزرگ تنها مسجد ۵ طبقه ی دنیای اسلام می باشد.
سبک به کار رفته در این مسجد گودال باغچه بوده و مزایای اصلی استفاده از این سبک عبارتست از: ۱- ضد زلزله شدن بنا ۲ – استفاده از مصالح برداشته شده از کف در دیوارها و طاق ها به عنوان خشت و گل

شبستان :
به محض ورود به داخل شبستان هر مسجدی اولین قسمتی که توجه ما را به خود جلب می کند « قبله و محراب » شبستان است ولی در مسجد آقا بزرگ بر خلاف بقیه مساجد و پیرو اصل رعایت تقارن توسط معمار؛کنار شبستان بنا گردیده است (نه در وسط).
جهت قبله ی محراب با عبارت « یا قاضی الحاجات » مشخص گردیده است . اطراف محراب کتیبه ای با خط ثلث (سوره های شمس و اعلی) و از جنس ساروج وجود دارد . بالای محراب هم برای انعکاس بیشتر صدای پیش نماز در کل مسجد کانالی تعبیه گردیده است .

قسمت زیر گنبد (مقصوره) :
معماراین قسمت را با ۴ ضلع سپس ۸ و ۱۶ و… آغاز کرده تا به دایره رسیده و نهایتاً دایره ها را به شمسه ای رسانده که در معماری نشانه ی احدیت و یگانگی خداوند متعال می باشد . فضای داخلی گنبد با کتیبه ای از سوره فتح تزئین گردید است.
گنبد این مسجد نیز سه لایه است . بیشترین محیط دایره برای گنبد ۵۰ متر و ارتفاع نوک گنبد از سقف مسجد حدود ۱۸ متر می باشد.

حیاط برف انداز :
حیاطی است در قسمت انتهایی بنا جهت تخلیه برف های گنبد، در وسط آن چاهی تعبیه گردیده تا برف ها به مرور آب شده و از طریق آن تخلیه شوند. نحوه برف روبی بام مسجد نیز در نوع خود جالب بوده. زنجیری به نوک گنبد متصل بوده و با گردش زنجیر، برف نشسته بر فضای بیرونی گنبد تراشیده و به حیاط برف انداز ریخته می شده است.
زیر حیاط برف انداز چاهی قرار دارد که بین مردم کاشان به چاه امام زمان معروف است و مردم برای برآورده شدن حاجاتشان در کنار این چاه نماز می خوانند و عریضه داخل چاه می اندازند .
حیاط های اطراف شبستان تقارن ندارند یکی مسقف و محصور و دیگری بدون سقف و از ۴ طرف آزاد می باشد .در توضیح این عدم تقارن باید بگوییم که زمان ملامحمد مهدی صاحب اولیه دو حیاط قرینه ی هم بوده اند ولی بعد از مدتی فرزند ملا محمد مهدی اطراف یکی از آنها را پوشانده و مسقف می کند و شبستان مسجد را به آنجا انتقال می دهد.

در قسمت چپ محوطه حیاط اصلی ( از درب ورودی ) مقبره ای می بینیم متعلق به خاندان نراقی که فرزند و نبیره و فرزند نبیره ی ملا محمد مهدی (شهید علی) در آن خاک هستند . خود ملامحمد مهدی در قم و پدرش (ملا محمد مهدی بزرگ) در صحن صغیر حضرت علی (ع) در نجف مدفون می باشند.
در این مقبره از درهای « اُرُسی » ( عمودی باز شو ) استفاده شده که در آنها هنر گره چینی زیبایی را می توانیم رویت کنیم .
بنای مسجد و مدرسه ی آقا بزرگ مجهز به دو عدد بادگیر هم می باشد . همچنین در این مسجد تاکنون چند فیلم و مجموعه تلویزیونی و سینمایی هم ساخته شده که مشهورترین آنها : طوقی ، عیاران و ملاصدرا می باشد.
بنای مسجد و مدرسه آقابزرگ در تاریخ یازدهم آذرماه سال ۱۳۳۰ خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.

تهیه و تنظیم : واحد تولید محتوای اصفهان تور